微軟指出，MSRT在執行Vista的機器上所發現並清除的惡意程式比XP SP2少了60.5%，而與Windows 2000相較，在Vista上發現的惡意程式比Windows 2000 SP4少了44%，也比Windows 2000 SP3少了77%。
資安業者PC Tools近日釋出一份報告指稱，Vista比8年前的Windows 2000還容易受到惡意程式攻擊，而微軟客戶端安全產品管理總監Austin Wilson則旋即在部落格中說明了微軟對惡意程式的研究方式以駁斥此項說法。

Austin Wilson指出，微軟非常謹慎地研究惡意軟體，並在每年發表兩次的安全智慧報告（Security Intelligence Report）公布研究結果。該報告集結了每個月全球逾4.5億台執行微軟惡意程式移除工具（Malicious Software Removal Tool，MSRT）所回報的結果，同時，微軟也是反惡意軟體測試標準組織AMTSO的成員，採用其核准的測試方法。

根據微軟在今年4月所公布的安全智慧報告，該報告調查的是去年6月到12月的惡意程式感染狀況，發現MSRT在執行Vista的機器上所發現並清除的惡意程式比XP SP2少了60.5%，而與Windows 2000相較，在Vista上發現的惡意程式比Windows 2000 SP4少了44%，也比Windows 2000 SP3少了77%，其所調查的Windows 2000涵蓋個人電腦及伺服器版本，而且由於許多伺服器版本都被用在資料中心上，而非用來瀏覽網路因此被惡意程式人侵的比例較低。這意味著一般用戶使用的Windows 2000受到惡意程式感染的比例高於上述數字。

Austin Wilson強調，Vista中有許多Windows 2000缺乏的安全功能，涵蓋DEP、ASLR、預設啟動的防火牆、Windows Defender、強化的IE安全性、使用者帳戶控管（UAC）、Windows Security Center等。

此外，Austin Wilson亦澄清這並非意味著Vista不需要防毒軟體，因為沒有軟體是完美的，即使微軟大幅度改善了Vista的安全性，但消費者仍需遵循保護電腦的指導原則，包括啟動防火牆功能、維持最新的作業系統版本，以及最新的防毒與反間諜軟體等。

PC Tools是透過旗下ThreatFire社群140萬台個人電腦所回報的資料，指出平均每一千台安裝Vista作業系統的電腦上出現639筆不重覆安全威脅，在Windows 2000電腦上則僅出現586筆，在Windows 2003上有478筆，在XP上則有1021筆，因而認定Vista不如Windows 2000安全，該報告蒐集資料的時期亦為去年下半年。